চাঁদপুর জেলা শহরের পূর্ব প্রান্তে ইনস্টিটিউটের নদী কেন্দ্র অবস্থিত। ১৭.২ হেক্টর এলাকা নিয়ে গঠিত এই কেন্দ্রে ০.১২-০.৩৭ হেক্টর আয়তনের মোট ৩৬টি পুকুর, দেশে সর্বপ্রথম প্রতিষ্ঠিত চাইনীজ কার্প হ্যাচারী, ৩টি গবেষণাগার, ফিশ মিউজিয়াম, অতিথি ভবন ও আবাসিক ভবনাদি রয়েছে। আভ্যন্তরীণ উন্মুক্ত জলাশয়ের অর্থনৈতিকভাবে গুরুত্বপূর্ণ মৎস্য প্রজাতিসমূহের সর্বোত্তম উৎপাদন নিশ্চিত করার লক্ষ্যে এদের সুষ্ঠু ব্যবস্থাপনা ও উন্নয়নের বিভিন্ন দিক নিয়ে এ কেন্দ্রে গবেষণা পরিচালিত হয়ে থাকে। নদী ও অভ্যন্তরীণ মুক্ত জলাশয়ের মাছের প্রজনন, পোনা উৎপাদন, চাষ পদ্ধতি ও ব্যবসহাপনা পদ্ধতি উন্নয়নের লক্ষ্যে এ কেন্দ্র হতে গবেষণা পরিচালিত হয়ে আসছে।

এছাড়াও উক্ত কেন্দ্রের অধীনে রাঙ্গামাটিস্থ নদী-উপকেন্দ্র থেকে কাপ্তাই লেকে মৎস্য চাষ ও ব্যবস্থাপনা বিষয়ের ওপর, সান্তাহারস্থ প্লাবনভূমি উপকেন্দ্র থেকে বন্যাপ্লাবিত এলাকা ও হাওড়-বাওড়ের মৎস্যসম্পদ উন্নয়নের বিষয়ে এবং খেপুপাড়াসহ উপকেন্দ্র হতে নদীর মৎস্যসম্পদের ওপর গবেষণা পরিচালনা করা হচ্ছে।