বাংলাদেশ কৃষি বিশ্ববিদ্যালয় ক্যাম্পাসের দক্ষিণ-পশ্চিম প্রান্তে ইনস্টিটিউটের সদর দপ্তরের সাথে স্বাদুপানি কেন্দ্র অবস্থিত। প্রায় ৪০.৪৯ হেক্টর আয়তন বিশিষ্ট এ কেন্দ্রটি পূর্বে মৎস্য অধিদপ্তরের অধীনে ""একুয়াকালচার এক্সপেরিমেন্ট ষ্টেশন'' নামে পরিচিত ছিল। পরবর্তিতে ১৯৮৪ সালে ইনস্টিটিউট প্রতিষ্ঠিত হলে এটি মৎস্য গবেষণা ইনস্টিটিউটে হস্তান্তরিত হয়ে স্বাদুপানি কেন্দ্র হিসেবে যাত্রা শুরু করে।
স্বাদুপানি কেন্দ্রে আধুনিক সুবিধা সংবলিত ০.০৪-০.৬২ হেক্টর আয়তনের ১১৮টি গবেষণা পুকুর রয়েছে। এছাড়াও এ কেন্দ্রে রযেছে দেশের অন্যতম বৃহৎ কার্প হ্যাচারী যেখানে গড়ে বছরে ৩ শত মিলিয়ন মাছের পোনা কৃত্রিম উপায়ে উৎপাদন করা যায়। তাছাড়াও রয়েছে উন্নত গবেষণাগার, মিলনায়তন, প্রশিক্ষণ ডরমেটরী ইত্যাদি। মাছের উন্নত জাত উদ্ভাবন, উন্নততর মৎস্যচাষ পদ্ধতির উদ্ভাবন, মাছের কৌলিতাত্ত্বিক গবেষণা, মাছের উন্নত মানের খাদ্য উদ্ভাবন ও পুষ্টি নিরুপণ, মাছের রোগবালাই দমন, ফার্মিং সিষ্টেম রিসার্চ, মাছ চাষীদের আর্থ-সামাজিক অবস্থা জরিপ ইত্যাদি বিষয়ের ওপর গবেষণা কার্যক্রম পরিচালনা করাই এ কেন্দ্রের মূল কর্মসূচী।
