রাজধানী ঢাকা থেকে প্রায় ১২০ কিলোমিটার উত্তরে ময়মনসিংহস্থ বাংলাদেশ কৃষি বিশ্ববিদ্যালয় এলাকায় ইনস্টিটিউটের প্রধান কার্যালয় অবস্থিত। ১৯৮৪ সালে রাষ্ট্রপতির অধ্যাদেশবলে মৎস্য গবেষণা ইনস্টিটিউট প্রতিষ্ঠিত হলে সদর দপ্তর প্রথমে চাঁদপুরসহ নদী কেন্দ্রে ও পরবর্তিতে ১৯৮৬ সালে ময়মনসিংসহ স্বাদুপানি কেন্দ্রে সহানান্তরিত হয়।